14世纪上半叶,德意志人口大幅减少。1315年发生大饥huang,黑死病则于1348年至1350年流行。即便如此,德意志的艺术家、工程师和科学家仍在这一时期发展一系列的技术,与同一时期在意大利诸城市州使用的科技类似。德意志诸国的艺术和文化中心培养老汉斯·霍尔拜因(英语:Hans Holbein the Elder)、其子小汉斯·霍尔拜因以及阿尔布雷希特·丢勒。约翰内斯·谷登堡将活字印刷术引入欧洲,为日后知识的大众化创造条件。
1517年,维滕贝格教士马丁·路德撰写九十五条论纲,挑战天主教会(罗马公教会)并引发宗教改革。1555年的《奥格斯堡和约》宣告路德宗为可接受的天主教替代信仰,但还规定诸侯的信仰应为其子民的信仰,这一原则称“教随君定”(Cuius regio, eius religio)。和约未涉及其他信仰,由此归正宗仍为异端,而其原则亦未涉及神权领袖改信的状况(如1583年科隆选侯国的情形)。自科隆战争至三十年战争(1618–1648)的一系列宗教战事对德意志地区造成严重的破坏,其中后者导致诸邦国总人口减少近百分之三十,而在一些地区人口减少高达百分之八十。《威斯特伐利亚和约》的签订终结德意志诸国的宗教战事。1648年后,德意志诸侯可选择天主教、路德宗及归正宗为其国教。